A resposta para essa pergunta é: DEPENDE.
O primeiro passo é observar o tipo de auxílio-doença recebido pelo empregado, pois temos o auxílio-doença previdenciário (B31) e o auxílio-doença acidentário (B91).
O primeiro não dá direito a estabilidade, pois não decorre de acidente do trabalho, mas o segundo garante a estabilidade de emprego por no mínimo 12 meses, nos termos do artigo 118 da Lei nº 8.213/91 (Lei dos Benefícios Previdenciários). Vejamos:
Art. 118. O segurado que sofreu acidente do trabalho tem garantido pelo prazo mínimo de doze meses, a manutenção do seu contrato de trabalho na empresa, após a cessação do auxílio-doença acidentário, independentemente de percepção de auxílio-acidente.
Entretanto, ainda que o empregado tenha recebido o auxílio-doença previdenciário (B31), existe a possibilidade de reconhecer a relação entre a doença ou lesão com o trabalho desempenhado pelo trabalhador, garantindo o direito a estabilidade.
Nesse caso, uma ação trabalhista permitirá, através de perícia judicial, garantir a estabilidade de 12 meses para o empregado com o reconhecimento do acidente do trabalho, ainda que o INSS não tenha reconhecido.